Математички институт је, након доношења Основне уредбе о установама са самосталним финансирањем крајем децембра 1953, прешао на пословање као установа са самосталним финансирањем. То је подразумевало да се финансирање његове делатности не обавља више у оквиру буџета Српске академије наука (САН), већ да надаље самостално управља целокупном својом имовином. Јануара 1954. отворен је први текући рачун Математичког института у Народној банци ФНРЈ, са којим је самостално располагао и преко којег ће у будућности вршити своје финансијско пословање.

Треба имати у виду да је Математички институт своје приходе остваривао првенствено од дотације државе, којим је покривао своје редовне личне и материјалне расходе (Табела 1). Такође, његово финансијско пословање се у стварности и даље обављало у оквиру рачуноводства Академије, али по засебном рачуну. Штавише, Академија је бесплатно издавала просторије у којима је био смештен и сносила трошкове огрева и осветљења. Она је наставила да врши надзор над задацима и пословима Института. Отуда се чини тачном тврдња да, иако је систем буџетирања замењен системом самосталног финансирања, то је био тек друкчији вид буџетирања, па је Институт наставио да послује уживајући наклоност свих органа САН. Међутим, истовремено је тачна и тврдња да је то била и прва (припремна) фаза за потпуно осамостаљивање Института и његово издвајање из састава Академије 1961. године.