Рачунарство и информатику у Србији последње две деценије обележио је појачан истраживачки рад и развој. Истраживачка заједница у овој области постала је већа, и стога се јавила потреба за оснивањем одговарајућег научног часописа. Тиме је подигнут квалитет истраживачке заједнице на подручју рачунарства и информатике.

Идеју о оснивању таквог часописа први је изнео један од водећих југословенских стручњака у области информатичких система, др Бранислав Лазаревић, професор на Факултету организационих наука у Београду. Уз несебичну помоћ својих блиских сарадника, нарочито проф. др Драгане Бечејски Вујаклије, проф. Лазаревић је почетком 2003. године окупио Оснивачки одбор, састављен од представника десет академских институција са подручја рачунарства и информатике: Факултет организационих наука, Математички факултет, Математички институт Српске академије наука и уметности и Електротехнички факултет из Београда, Природно-математички факултет и Факултет техничких наука из Новог Сада, Технички факултет из Зрењанина, Економски факултет из Суботице, као и Економски факултет и Природно -математички факултет из Подгорице. На првом састанку оснивачког одбора у септембру 2003. године, часопис је добио назив Computer Science and Information Systems, скраћено ComSIS. Часопис је службено регистрован исте године, а проф. Лазаревић је једногласно изабран за главног уредника. Истовремено су основани Управни одбор и Уредништво. Енглески је одабран као службени језик часописа, постављена је wеб страница часописа и одлучено је да ComSIS буде непрофитни часопис отвореног приступа. Главне теме које часопис покрива су информатика, информациони системи и софтверско инжењерство.

Проф. Бранислав Лазаревић био је главни уредник до краја 2004. Затим је ту улогу преузео др Владан Девеџић, такође професор на Факултету организационих наука, до краја 2005. Проф. Владан Девеџић посебно је радио на побољшању међународног угледа часописа па је покренута регистрација часописа ради покрића у међународном индексу SCI часописа, који одржава Thomson Reuters. Од 2006. до 2009. главни уредник био је др. Иван Луковић, професор Факултета техничких наука у Новом Саду. Главни изазови у овом раздобљу били су успостављање сталног прилива квалитетних прилога и испуњавање строгих захтева Thomson Reutersa, с циљем да се обезбеди покривеност часописа SCI индексом. У августу 2008. часопис ComSIS добио је званичну потврду о покривености индексом JCR/SCI Expanded, што представља важну прекретницу у раду. Тиме је ComSIS постао први часопис с индексом SCI -а у подручју рачунарства и информатике у некадашњој Југославији. Отприлике у то време је Природно-математички факултет из Подгорице напустио Оснивачки одбор, а придружила му се Рачунарска школа из Београда. У новембру 2008. године преминуо је проф. Бранислав Лазаревић, оставивши снажан печат на оно што је ComSIS данас. Од 2009. главна уредница часописа је др Мирјана Ивановић, професорка Природно-математичког факултета у Новом Саду. Након укључивања у SCI индекс, први двогодишњи фактор утицаја за 2010. објављен је у јуну 2011. Овај догађај је означио почетак већег међународног и домаћег интересовања за часопис. Увелико се радило на томе да се одрже и побољшају фактори утицаја као и да се обезбеди висок стандард рада часописа при великом приливу прилога и захтева за издавањем посебних издања. И данас управа часописа ради на реструктурирању како би се побољшао међународни углед часописа.