Развој индустрије, првенствено у области електронике и машинства, у нишком региону учинио је да Ниш постане универзитетски центар, што је значајно утицало на развој научних истраживања у многим областима, укључујући математичке науке. Врло значајну улогу у томе имали су проф. др Драгослав С. Митриновић и његови сарадници Петар М. Васић, Радован Р. Јањић, Добрило Ђ. Тошић, Иван Б. Лацковић, Јован Д. Кечкић. Посредством ових професора успостављена је веза истраживача из Ниша са Математичким институтом. Посебну улогу у развоју математичких истраживања имао је Илија Ика Братић, библиотекар Математичког института, који је својим личним залагањем омогућио истраживачима из Ниша да дођу до неопходне литературе.

Конференције

Од 26–28. септембра 1989. године организован је Први међународни скуп Теорија и примена Гибсових извода, одржан у Купарима, Дубровник. Скуп је организован у оквиру активности на пројекту Математичког института којим је руководио проф. др Петар М. Васић са Електротехничког факултета у Београду. Иницијатор и главни организатор био је Радомир С. Станковић, у то време доцент на Електронском факултету у Нишу. Скупу је присуствовао и др Џејмс Едмунд Гибс (James Edmund Gibbs), зачетник ове области у дијадичкој анализи, поред учесника из Аустрије, Јапана, Мађарске, Немачке, тадашњег СССР, а сада Украјине, САД и Србије. Изабрани радови саопштени на скупу објављени су као књига у издању Математичког института P. L. Butzer, R. S. Stanković (eds.) Theory and Applications of Gibbs Derivatives, Mathematical Institute, Belgrade, Serbia, ISBN 86-80593-05-2, xxx +312 страна, за коју је уводну реч написао проф. др Ђуро Р. Курепа.

Пракса већег укључивања сарадника из Ниша на пројекте Математичког института, од којих су неки и запослени на Институту, значајно доприноси истраживањима у области математике и њене примене. У оквиру ових истраживања, у периоду од 2013. године до данас организоване су међународне конференције:

1. Теорија информација и комплексни системи (TINKOS), годишња конференција од 2013. до данас, чији су организатори поред Математичког института, Електронски факултет и Природно-математички факултет у Нишу, којима се од 2016. придружио Центар за истраживање комплексних система, а у 2018. и Институт за физику из Београда.
2. Closing Conference of Tempus Project Visuality and Mathematics, 2014, чији су организатори били Универзитет Метрополитен, Математички институт, Универзитет у Новом Саду и Висока школа струковних студија за информацоне и комуникационе технологије из Београда.
3. ICTForum 2014, одржан 14–16. октобра 2014. у Нишу у организацији Регионалне привредне коморе Ниша, Математичког института, Центра за женско предузетништво у Нишу, Српског друштва за информатику, и Центра изврсности и иновација.

Развој информатичке подршке и набавка онлајн конференцијског система Математичког института омогућила је организовање виртуелних конференција:

1. Virtual International Conference on Science, Technology and Management in Energy (eNergetics), годишња конференција од 2015. до данас, чији су организатори Истраживачко-развојни институт ALFATEC d.o.o., Математички институт, и Електронски факултет у Нишу, понекад са суорганизаторима.
2. Virtual International Conference Path to a Knowledge Society-Managing Risk and Innovation (PaKSoM 2019) са 365 учесника из Србије и 335 из иностранства.
3. PaKSoM 2020 са 395 учесника из Србије и 365 из иностранства.

Захваљујући ангажовању сарадника из Ниша, од 2015. отпочела је сарадња Математичког института са University of California San Diego Extension, која је 2018. године озваничена потписивањем Меморандума о разумевању. Тиме је омогућено формирање пројекта Програм ИТ преквалификација – МИСАНУ, који су уз подршку Програма Уједињених нација за развој, заједнички реализовале ове две институције у Регионалном центру за образовање у Нишу. Полазници који су успешно завршили обуку добили су сертификате University of California San Diego Extension.

Семинари

Године 1982. Стојан Богдановић је основао Семинар за теорију полугрупа и функционалне једначине, који је од 1990–1996. преименован у Семинар за теорију полугрупа, а од 1996. назив је промењен у Семинар за алгебру. Касније је руковођење семинаром преузео Мирослав Ћирић.

Почетком 1985. године, Владимир Ракочевић и Миомир С. Станковић организовали су и руководили семинаром Генералисани инверзи и примене. Семинар се одржавао двадесетак година.

Градимир В. Миловановић основао је и руководио семинаром Ортогоналности и примене, чији су учесници доприносили раду на пројекту Методи и модели у чистој, примењеној и индустријској математици.

Током вишегодишњег рада ових семинара, одбрањено је више докторских дисертација, а њихови аутори постали су професори Универзитета у Нишу. Тиме су ови семинари значајно допринели развоју кадровске базе Универзитета у Нишу. Тренутно је активан и редовно се одржава у Нишу виртуелни семинар Одлучивање, теорија, технологије, пракса чији је руководилац Лазар Велимировић, а секретар семинара Предраг Вранић.

Рад у области дигитализације националне баштине Србије

Након формирања пројекта III 44006 Развој нових информационо комуникационих технологија, коришћењем напредних математичких метода, са применама у медицини, телекомуникацијама, енергетици, заштити националне баштине и образовању у Математичком институту, сарадња коју је 2008. успоставила Лабораторија за рачунарску интелигенцију и информационе технологије (CIIT Lab) Електронског факултета у Нишу са Музејем Николе Тесле у Београду, реализована је у оквиру овог пројекта преко потпројекта, чији је руководилац био Владан С. Вучковић из CIIT Lab Електронског факултета у Нишу.

ARhiMedia група са Електронског факултета под руководством Радомира С. Станковића отпочела је у 2012. у оквиру CIIT Lab Лаб рад на примени технологије проширене стварности у представљању националне историјске, културне, научне и техничке баштине Србије. Рад је организован у оквиру пројекта Математичког института III 44006 и до сада је реализована 31 апликација за мобилне уређаје, које су слободно доступне преко маркета Google Play и AppStore. У оквиру ових активности, Математички институт је успоставио сарадњу и потписао меморандуме о разумевању као и уговоре о реализацији конкретних задатака са већим бројем музеја и других институција у области културе у Србији.